לשכת המנכ"ל אחראית על תפעול ההסתדרות הרפואית. בלשכה מתגבשות תכניות העבודה ונקבעים היעדים לטווח הקצר והארוך. באמצעות הלשכה מתקיימים כל התהליכים, המיזמים ושיתופי הפעולה הנדרשים להשגת היעדים הנדרשים שקבעה הנהלת הר"י.

• עו"ד לאה ופנר מזכ"ל הר"י
• זיוה מירל מנהלת מחלקת דוברות
• יוכי שירזי ע. מזכ"ל
• דותן שמחוביץ ע. מזכ"ל
• עו"ד מירב אוהבי מנהלת פרויקטים אסטרטגיים
• זהבה פייביש  
• סבינה קליינרוק  
• עומר אורבך א. מערכות מידע
• סיגלית פלינט איגודים מדעיים
• אסתי ינקו מזכירת לשכה
• טל דקל מזכירת לשכה
• סופי מיצקביץ מזכירת לשכה
• טליה דור מזכירת מחלקת דוברות
• סייה פריימן אשורי מנהלת לשכה
• עו"ד רביד קורן-רבינוביץ ע. מזכ"ל
• רונית אהרון רכזת חדשנות רפואית
• מור גיא רכזת אדמיניסטרטיבית
• עיינה דננברג רכזת פרויקטים
• מיה שניידר רכזת פרויקטים
• עו"ד מיכל פומרנץ תחום גישור

המחלקה אחראית על מצבת העובדים/ות בהר"י ועוסקת בגיוס ותנאי העסקת העובדים/ות.

בין תפקידיו של האגף: מתן ייעוץ משפטי בתחום יחסי עבודה לרופאים, ייעוץ משפטי למחלקות הר"י ולהנהלת הר"י בנושא מדיניות הארגון, ליווי תביעות משפטיות שמוגשות על ידי הר"י, מעורבות בחקיקה וקביעת מדיניות ציבורית בתחום הרפואה ומערכת הבריאות, ייעוץ משפטי לאיגודים המדעיים, פעילות מול ארגונים בינלאומיים. שכר ופנסיה: בדיקת תלושי שכר, ליווי הסדרי פנסיה, קופות הגמל וקרנות ההשתלמות של הרופא. הלשכה לאתיקה: ניסוח כללי אתיקה והקפדה על אכיפתם, בירור תלונות של רופאים וחולים, ניסוח חוות דעת וניירות עמדה. המכון לאיכות ברפואה: כתיבת טופסי הסכמה מדעת, הנחיות קליניות וניירות עמדה.

• עו"ד מלכה בורו מנהלת האגף
• עו"ד אורית כזום מנהלת מחלקה
• עדנה שקלאר ביטוח אחריות מקצועית
• רינת פרכטר  
• טלי ריין אלוני חוקרת, יחידת מחקר
• עו"ד שרה ברוקר ייעוץ משפטי למתמחים וסטאז'רים, התקשרויות מסחריות
• עו"ד איריס רונן פילוס יעוץ משפטי לרופאי קהילה בכל הקופות ולרופאי בי"ח של שירותי בריאות כללית, יעוץ משפטי למתמחים
• מיא קנר מזכירת האגף
• ברוך לוי ראש יחידת מחקר
• עו"ד עירית גרובס ראש תחום פרט. יעוץ משפטי בנושא יחסי עבודה, יעוץ משפטי לאיגודים
• עו"ד שרון דיין ראש תחום רפואת קהילה. יעוץ משפטי לרופאי קהילה בכל הקופות
• מרב פינטו רכזת ביטוח
• קרן משיח צוונג רכזת הלשכה

(1) יחידת השירות למתמחה – נותנת מענה לכל פניות המתמחים בנושא התמחותם.
(2) מחלקת בחינות – אחראית על בחינות שלב א', שלב ב', הבחינה במקצועות העל ובחינת סטאז' רישוי.
(3) המחלקה להכרה וביקורת – איסוף ויישום קריטריונים להכרה במוסדות בהם ניתן לבצע התמחות, תוך שיתוף פעולה עם האיגודים המדעיים ותוך התבססות על הסילבוס להתמחות.

• עו"ד אפרת בן אברהם מנהלת המועצה המדעית
• לילך אבירם ראש צוות הכרה, חינוך והתמחות
• רחל קמפלר אוחיון ראש צוות בחינות
• ענת מלכי ראש יחידת שירות למתמחה
• ענבר בן יהודה  
• אורנית הכהן לין בחינות התמחות
• קרן לוי בחינות התמחות
• לירז רחמים בחינות התמחות
• גרנית משה בחינות התמחות
• ליטל יגר בחינות התמחות ובחינות סטז'
• אנה בגולה יחידת שירות למתמחה
• לירון נתנאל יחידת שירות למתמחה
• רונן אהרון יחידת שירות למתמחה
• נטלי נאותי יחידת שירות למתמחה
• דנה אשל מנהלת ידע, רגולציה ופרויקטים
• תום קובו נציג שירות למתמחה
• עינת צוק נציגת שירות למתמחה
• רונה אפרתי נציגת שירות למתמחה
• אריאלה חיון ישראלי נציגת שירות למתמחה
• אדר קנר נציגת שירות למתמחה
• פלורינה מיסיוק צוות הכרה, חינוך והתמחות
• רות ווינגרטן צוות הכרה, חינוך והתמחות
• מור יהושוע רכזת אדמינסטרטיבית
• מור הלל רכזת בחינות

מחלקת האינטרנט אחראית על תחזוק ותפעול טכנולוגי וכן עדכון התוכן של: כל אתרי ההסתדרות הרפואית, אפליקציית הר"י, אפליקציות האיגודים, מערכות מקוונות באתר לרופאים ולמתמחים, טפסים מקוונים וטופסי תשלום והמערכות לאיתור המידע.

• יפית שנהב מנהלת מחלקת דיגיטל ומערכות מידע
• הילית נעמת מרילוס אחראית תחום תוכן דיגיטלי
• גלי לוין מידענית רפואית
• רונית אזיקרי מנהלת פרויקטים
• מיכל כהן-מרקוביץ' מנהלת פרויקטים דיגיטלים
• אורלי גל מנתחת מערכות מידע
• יולי אברמוביץ מתאמת אפליקציות ואתרים
• אילת רובינשטיין רכזת מערכות מקוונות
• ברברה וורונין רכזת מערכות מקוונות
• יוהלה אבידר רכזת פרויקטים
• ליבנת מורדוך חאבא רכזת פרויקטים
• אלה קוה רכזת תוכן דיגיטלי

מחלקת השירות של הר"י אחראית על הקשר הרציף עם הרופאים החברים בארגון, ועל תמיכה בשירותים הניתנים לרופאים בתחומים השונים. זאת באמצעות:
• שירות אישי לחברי ההסתדרות הרפואית: עדכון פרטי רופאים, גביית דמי חבר, סיוע בתפעול כרטיס הרופא, מתן מידע על פוליסות הביטוח, מכירת מוצרי הר"י, הרשמה לקורסים ועוד.
• שירות לאיגודים המדעיים: תמיכה בתהליך הבחירות באיגוד, גביית דמי חבר ועוד.
• פרסום מידע והפצות: עדכון שבועי על פעילויות הר"י באמצעות מערכת דיוור.
• מוקדים לרווחת הרופא

• קרן שמש מנדל מנהלת מחלקה
• אלעזר גביר  
• דור אסלי נציג שירות
• גיא קוטלר נציג שירות
• סימונה לייבה נציגת שירות
• גילה אשטר נציגת שירות
• סטפני חכים נציגת שירות
• סומא שהאב נציגת שירות
• לאה ויטה נציגת שירות ביטוחים
• אור גביניאן פקידת קבלה

המחלקה עוסקת בשיפור השירות לרופאים החברים, ובהרחבת השירותים אשר הר"י מפתחת עבור חבריה. במסגרת הפעילות מוצעות הטבות ופעילויות ייחודיות שנתפרו במיוחד עבור הרופאים הקשורות לתחומי החיים השונים. בין הפעילויות:
• קורסי הכשרה והשתלמויות
• תרבות פנאי והעשרה
• הטבות והנחות לחברי הר"י בכרטיס הרופא

• גבריאל גינו מנהל מחלקת פיתוח שירותים ומנהל פיתוח עסקי
• עינת משורר מנהלת מחלקת הכנסים
• חן לי פרץ מפיקה
• רונית חוגי מפיקה
• ג'ניה דוכן ע. מנהל פיתוח עסקי
• חני קרן עוזרת הפקה
• ציונה גרינברג ראש תחום הדרכה
• חיים אלמליח רכז תפעול פיננסי
• חן נגטו רכזת אדמיניסטרטיבית יחידת הכנסים
• מילה רחמים רכזת סחר
• שלי כץ רכזת פיננסים וגבייה

אגף משאבים ארגון ותפעול מאגד בתוכו את מחלקת הכספים, מחלקת הלוגיסטיקה, מחלקת מערכות מידע ומחלקת ההוצאה לאור. תחומי האחריות של האגף:
אחריות על ניהול הכספים בארגון, עריכת הדוחות הכספיים השנתיים, בניית התקציב וביצוע בקרה שוטפת על ניצול, התייעלות - צמצום עלויות וייעול השירותים הניתנים על ידי ספקים, טיפול בנכסי ההסתדרות הרפואית, תחזוקת משרדי הר"י; ארגון לוגיסטי וקיום כנסים השתלמויות ובחינות, תחזוקת מערכות המידע ומערכות המחשוב בארגון תוך שמירה על נוהלי אבטחת מידע.

• רחלי שבי מנהלת מחלקת רכש ולוגיסטיקה
• יאיר רונן מזכיר מערכת "IMAJ"
• אורלי בסוס מזכירת מחלקה
• ענבר חיים חגאשי מזכירת מערכת "הרפואה"
• איציק נחום רכז בקרה תקציבית

בין תפקידה של מחלקת הכספים: ניהול ספרים עד למאזן לחברות: הר"י ועד מרכזי, הר"י נכסים, מועדון יחד, מפעל חברות חוץ, כ-120 איגודים וחברות, ניהול כספים, הכנת תזרים מזומנים, טיפול שוטף בלקוחות ונותני שירותים, גבייה מארגונים באמצעות המחאות והעברות בנקאיות, טיפול בספקים, הכנת תקציב שנתי בשיתוף אגף משאבים, טיפול בהחזרים לרופאים כמו החזרי נסיעות, מפגשי הדרכה יזומים עם הגזברים ועוד.

• חיה פאר מנהלת המחלקה
• צפורה סטמקר  
• הדס-לילי מימרן  
• אמה בוצומנסקי מנהלת חשבונות
• דבורה יונייב מנהלת חשבונות
• לודה ישראלוב מנהלת חשבונות

מחלקת חברות

• קרן שמש מנדל מנהלת מחלקה
• ריקי יששכר מתאמת תשלומים ממעסיקים
• רועי מזרחי נציג חברות
• דניאל גרינבלט נציג ניהול חברות
• שרה רחל אבישייב נציגת ניהול חברות